王淑鶯老師的期末作業

• Create a fasta sequence file of a molecule of your interest.

>gi|123473879|ref|XP_001320125.1| rubrerythrin [Trichomonas vaginalis G3]
MSLKGTQTEKNLACAFAGESMARNRYTFFAEVAKKQGYEQIAQLFIETAENEKVHANYFWSQIKGLGSVK
IETEVPACGVNDTLTNLRNAAAGEYAEHTTDYPHFADVAEKEGFAKIAKAFRGIAAVEKEHEIRFNTLAK
QVESSTVFKREAVVAWKCRNCGYVVRAKVAPKACPVCFKPQGWFEIKEVLE

• Use ExPasy to characterize the protein (such as MW, PI, secondary structure, domain…..)

使用

Compute pI/Mw tool

計算MW和pI

Theoretical pI/Mw: 8.16 / 21352.37 

secondary structure

因為APSSP 網站壞掉

改用CFSSP

Domain

主要包括Ferritin-like diiron domain (與鐵結合能力有關)  和 Rubredoxin-like domain(與電子傳遞有關)

Find the structure (or homologous structure of your molecule) in protein data bank

目前沒有已經解出的Trichomonas Vaginalis的蛋白質結構

所以以之前預測長的最像的Desulfovibrio vulgaris 的RBR取代

以第一個1S2Z結構

• Use Pymol to generate the figure of your molecule, functional domain and important atomic interactions

RBR蛋白主要的functional domain

上方a-helix有一個Fe和Zn的結合位

應該與Rubredoxin-like domain 有關

下圖是與Fe作用的關係和距離

下圖是與Zn之間的作用和距離

下圖是兩個atom同時一起看

而RBR在B-sheet部分還有一個鐵的結合位，應該與Ferritin-like diiron domain 有關

如下圖

Align the structure with a homologous structure and explain why structural alignment can help you design your experiments 

挑另一個1S30

因為兩者相似度很高，所以幾乎完全疊再一起

這個可以幫助我的實驗部分在於我可以將我不同的RBR 五種isoforms兩兩比較

可以清楚不同isoform之間的差異

可能影響他們在功用上的不同