10/29 What is microarray?

Normalization (1): Total Intensity Normalization
Total intensity normalization: 讓中數和平均數接近
20000x1.25=25000
25000
才能互相比較

Normalization (2): Standard Score (調整分數的方式)
Standard scores are also called z-values, z-scores, normal scores, and standardized variables
數據調整，但維持常態分布
T=50+10xZ

EX:期中報告考試占30%
0.3T=50x0.3+0.3x10xZ

Clustering (1): Hierarchical Clustering
相類似的基因變成一個Group


Clustering (2): k-means clustering
平均值靠近的在一個group

Clustering (3): Cluster Affinity Search Technique

看時序變化

10/15 Phylogenetic Analysis homework

HW:ML、MP、NJ

隨意挑選10個NCBI上找到的RBR基因

先做Bioedit的clustal W

存檔之後，備份

接下來流程如下

將備份檔案名改為infile

先用seqboot 設定如下圖

得到oufile，隨後修改原本infile檔名為infile1

outfile改成infile

接下來用dnadist，完成NJ的部分

同樣得到outfile

將原本infile改成infile2

outfile改成infile

接下來用neighbor

修改data set為100

最後NJ結果如下: 打開Outfile(text)

打開outtree(treeview)

再來是ML和MP的部分

同樣用seqboot處理後

改用dnapars

得到一個outfile和outtree

然後把outtree改成intree

再使用consense

隨後，一樣可以得到一個outfile和outtree

SMS2+10/8 Homework~

SMS2
簡單介紹幾個功能
1.combine FASTA

>10 base sequence
aattccggtt

>25 base sequence
gggggaaaaatttttcccccgatca

合在一起

2.Reverse Complement可以輕鬆把這35nt轉為互補股的序列

3.Translate 將RNA序列轉變成蛋白質序列

10/8

1.統計哪作最多paper 哪一年最多

2.取一段序列作blast

1.以p53蛋白當作目標

2014年有4644篇與p53相關的研究是近年最多

2.

以這個基因序列去做blast

CLC、MeV 談論分類方法(三種-hierarchical clustering,K-mean,Cluster affinity search technique ) and adjust data-normalization

CLC Viewer

Import: 從不同程式格式輸入 (Load)

Export:輸出不同格式

Mev  load data

Browse

按照輸入順序排，所以將檔案按照time cost排

第一種方法 選 hierarchical clustering (不cluster sample)

save matrix

存數據在excel

adjust data-normalization

total intensity 讓表現量總和一致

第二個分群方法: K-mean

Normalize gene

以倍數差距呈現

第三種方法 

Cluster affinity search technique (將平均值接近擺在一起)

and save matrix

STRING

10/15 Phylogenetic Analysis

支序學派

跟當時之前的區別在哪裡

表型學派

-知道現在之間區別在哪裡

無法表現演化關係，只能表現現在的差異

Maximum Parsimony (MP) 只適合演化速度快速、時間短的病毒等

Maximum Likelihood (ML) 長時間演化持續發生

持續不斷inside-out

HW:ML、MP、NJ

10/8 text mining 文字探勘

pubmed text mining 文字探勘
【ti】-->title
MeSH Terms 內容關鍵字
substance: 類似的compound
LinkOut
Search details 可以在此加入年份、作者、Journal

Pubmed PubReminer

從中分析某一期刊、關鍵字、作者...

Chillbot (查基因與基因的距離關係)

DisGeNET(基因與疾病的關係)

用search

與這個基因有關的疾病

10個基因與這麼基因有關聯

moodle  CLC Sequence Viewer (W7) 

Aliases = 小名

Gene Ontology

-function

                                                                           -process

                                                                           -componet

Blast 非人類物種，研究親緣關係

針對要查什麼物種，調整資料庫的search，比較保守

NCBI、EMBOL、PDB

找Ab去哪買及一些info

work: 1,統計哪作最多paper 哪一年最多

2.取一段序列作blast