分子資料庫期末作業
S46031061 吳明陽
1.
請選出一個跟你論文主題相關的基因 (gene X)。
我挑選的基因是Rubrerythrin (RBR)
2.
將 gene X 於 Pubmed 或相關文獻探勘軟體，進行篇數，年代，作者趨勢分析。
目前與Rubrerythrin有關的文獻一共有96篇
文獻出版的年代如下圖一，第一篇與Rubrerythrin有關的文獻出現在1988年，並可以看到大約在2003年到2006年之間有較多研究Rubrerythrin，大約有每年10篇的量，不過近年研究的篇數大約維持在兩到三篇。
Rubrerythrin在1988~2015每年文獻的數量
其中Dumitrescu R在2005、2014分別貢獻一篇
Ishii M則在2012、2014各貢獻一篇
Mishra S, Imlay JA兩人則連續在2012、2013各貢獻一篇
Romão CV則分別在2011、2012各貢獻一篇
Igarashi Y也在2012、2014各貢獻一篇
等等…
3.
將 gene X 利用 NCBI Gene 入口，獲得相關序列資訊（包括 genomic, reference sequence, peptide sequence)
Rubrerythrin在細菌、寄生蟲都有，這邊以Trichomonas Vaginalis為主要研究方向。找到有六個Rubrerythrin的基因，分別是TVAG_378980, TVAG_178060, TVAG_064490, TVAG_275660, TVAG_366670,
TVAG_366660，如下圖二。
而我的研究中TVAG_064490又扮演特別重要的角色，接下來以這個基因繼續做
TVAG_064490
Genomic
>gi|123473878|ref|XM_001320090.1| Trichomonas vaginalis G3 rubrerythrin, putative (TVAG_064490) partial mRNA
CACTTAGCTTTAATGTCTCTTAAAGGCACCCAGACAGAAAAGAATCTTGCTTGCGCTTTCGCCGGTGAGT
CCATGGCCCGCAACCGCTACACATTCTTCGCCGAAGTTGCCAAGAAGCAAGGCTACGAACAGATCGCTCA
GCTCTTCATCGAAACAGCTGAGAATGAGAAGGTCCACGCCAACTACTTCTGGAGCCAGATCAAGGGCCTT
GGCTCTGTCAAGATCGAGACAGAGGTCCCAGCCTGTGGCGTAAACGACACACTTACAAACCTCCGCAATG
CTGCTGCCGGTGAATACGCCGAGCACACAACAGACTACCCACACTTCGCTGATGTTGCTGAGAAGGAAGG
CTTCGCTAAGATCGCTAAGGCTTTCCGTGGAATCGCTGCTGTCGAGAAGGAACACGAAATCCGCTTCAAC
ACACTCGCCAAGCAAGTTGAATCATCAACAGTCTTCAAGCGCGAGGCCGTTGTCGCCTGGAAGTGCCGCA
ACTGTGGCTACGTCGTAAGAGCTAAAGTCGCTCCAAAGGCATGCCCAGTTTGCTTCAAGCCACAGGGCTG
GTTCGAAATCAAGGAAGTCCTCGAGTAAACTTTTTGCTTATTATGTTAACTTTTAAAGCATTTTTTTACA
TTGA
Reference
sequence
Peptide sequence
>gi|123473879|ref|XP_001320125.1| rubrerythrin [Trichomonas vaginalis G3]
MSLKGTQTEKNLACAFAGESMARNRYTFFAEVAKKQGYEQIAQLFIETAENEKVHANYFWSQIKGLGSVK
IETEVPACGVNDTLTNLRNAAAGEYAEHTTDYPHFADVAEKEGFAKIAKAFRGIAAVEKEHEIRFNTLAK
QVESSTVFKREAVVAWKCRNCGYVVRAKVAPKACPVCFKPQGWFEIKEVLE
4. 利用 gene X 的序列進行 Blastn 或 Blastp，找出至少10條以上，20條以下，不同種 (species)
的序列，進行 Phylip 分析。使用方法為 NJ 與 ML。bootstrap 設定在 n = 250
Blastn
Blastp
挑選blastn和blastp的前十條序列，放入Bioedit
做ClustalW排列
先完成NJ
結果是TVAG_275660和我用來BLAST的TVAG_064490基因序列最接近，如下圖。
outfile用記事本打開後，呈現序列之間的關聯性。
outtree用treeview打開後，看到的關係遠近分布。
接下來再做ML，得到的結果是TVAG_378980和TVAG_064490比較接近，如下圖。
outfile用記事本打開後，呈現序列之間的關聯性。
outtree用treeview打開後，看到的關係遠近分布。
Blastp比對到的十條序列放入bioedit
NJ的結果，如下圖。
outfile用記事本打開後，呈現序列之間的關聯性。
outtree用treeview打開後，看到的關係遠近分布。
ML的部分，得到的結果如下
outfile用記事本打開後，呈現序列之間的關聯性。
outtree用treeview打開後，看到的關係遠近分布。
5. 將 gene X 於 NCBI GEO profile 中尋找相關的表達資訊， 至少10個以上，20個以下。製成 tab txt file。再用 TMeV 畫出聚類分析圖形（至少三種）。
因為TVAG_064490沒有GEO Profile，所以我隨意找一個RBR的GEO Profile
進入GEO
profile，輸入搜尋目標基因後可查詢相關文獻(研究內容大是甚麼)、分布圖及其他相關的
Profile data Profile pathways、Find
related data。
由GEO DataSets 查詢，點選感興趣的GDS集合，進入數據頁面，就可以下載目標數據檔案。
先normalization
Hierarchial clustering
k-means clustering
Cluster Affinity Search Technique
6.
將上述 5. 所得與 gene X 表達相關基因，利用 STRING 預測交互作用網路，並列出最有興趣的GO關係圖形 (CC, MF, BF) 三種。
TVAG_064490=XP_001320125.1
7. 預測 gene X 的蛋白結構圖。
用swiss-model去模擬蛋白質可能的結構，以Desulfovibrio vulgaris的Rubrerythrin蛋白當模板去預測Trichomonas Vaginalis 的rubrerythrin蛋白，預測結果如下圖
以swiss-model模擬Trichomonas
Vaginalis 的rubrerythrin蛋白結構
8. 預測 gene X 的 micorRNA binding site。
使用miRBase的search，輸入mRNA的序列，找到以下的miRNA在RBR mRNA上有結合位，如下圖。
沒有留言:
張貼留言