SourireWu 資料庫: 2015

2015年12月31日星期四

12/31 prokaryote NGS by 陳振暐老師

使用pathway tolls

Tools-->PDGB 可以搜尋下載要的細菌的資料

上面的菌選擇k-10

點 show cellular overview

pathway 一直點進去

可以看到詳細的路徑

點overviwe的現或點可以得到更多詳細的資訊

也可以從Compound去找

也可以做Species comparison

biocyc

2015年12月24日星期四

2. 寫一個簡單的Java程式，用蒙地卡羅的方式，以一百萬次嚐試，來計算半徑 10 的圓面積 (請將程式碼貼在自己的網頁上，完成這一題的同學80分)。

import static java.lang.Math.*;

/*
* PI/4 : 1 = C : N
* PI = 4*C/N
*/

public class monte {

public static void main(String[] args) {
int N = 1000000;
int C = 0;
double newpi = 0.0;

for(int i = 1; i < N; i++) {
if(pow(random(), 2) + pow(random(), 2) < 1) {
C++;
}
}
newpi = 4.0 * C / (N - 1);
System.out.println( + 100 * newpi);
}

}

12/24 NGS for eukaryotes by 曾大千

高通量定序
Fred Sanger
使用無法再incorporate的核甘酸
複製就會停下來，用以判斷序列
-->毛細電泳
用螢光標定核苷酸

shotgun sequence

高通量定序目前主要兩種
Emulsion PCR
磁珠和Fragment被油滴給包住
做PCR，保證油滴都是單一colon的PCR
一個洞卡一個油滴、一個珠子...

Bridge PCR
讓Fragment流進晶片(控制濃度)
讓晶片上形成聚落

人類序列不做蛋白質的基因序列比例最高
產生各種小分子mRNA，調節許多複雜的反應
可能就是人與老鼠雖然有著相似的基因數
但表現複雜度差異之大的來源

Exome sequencing
Exome: consists of all the genome's exons
SNP的不同-->中醫的體質

Amplicon sequencing

精準醫療
先看sequence 個人化醫療

2015年12月17日星期四

12/17 Java enclipse

enclipse

New--> Java

1 package helloworld;

3 public class Atom {

4 double x;

5 double y;

6 double z;

7 }

1 package helloworld;

3 import java. util {

5 public class Helloworld {

7 public static void main (String[] args) {

8 // prints ''Hello, World'' to the terminal window.

9 ArrayList<Atom> myatoms = new ArrayList<>();

10 for (int i = 0 ; i < 100; ++i) {

11 Atom a1 = new Atom();

12 a1. x = Math. random()*3;

13 a1. y = Math. random()*3;

14 a1. z = Math. random()*3;

15 myatoms .add(a1);

16 }

17 for (int i = 0; i < maximumstep; ++i) {

calculateForce (myatoms);

}

static yoid calculateForce (ArrayList<Atom> input);{

int size = input.size();

for ( int j =i+1; j < size; ++j ) {

double max_x = 10;

double max_y = 10;

double max_z = 10;

double min_x = -10;

double min_y = -10;

double min_z = -10;

2015年12月10日星期四

12/10 梁啟修老師-Molecular structures and mechanics

1個碳原子=1埃
O=C-N-H 180呈現180度結構
RCSB
醣類吃進去無法切割的話，如同纖維素般無法吸收
最後可能被肝臟代謝掉之類的...
要分割成小分子糖才能吸收。

每秒空氣碰撞的頻率是10的負15次方
相當於15隻大象踩在身上

水中是10的負12次到13次

所有東西在絕對零度還是會動，只是動的比較慢
量子力學: 所有能量都是不連續的
能量太小，感覺不到是不連續的

F=K(X-Xo)

eclipse.org

Hello World Java

2015年12月3日星期四

12/3 panther and string

http://pantherdb.org/

Gene List Analysis 幫助作基因的分類

上面選擇Pathway

做成pie圖

How to cite Panther

http://string-db.org/

點球可以得到此基因的資訊

可以得到蛋白質序列和homology

點actions可以得知調控關係(方向性)

按advance

Layout relax可以移動，避免跑到框框外

enrichment 點KEGG Pathway

紅色代表跟這pathway有關的基因

PFAM Domain

2015年11月26日星期四

11/26 Proteomics-Part A 2DE and Image analysis

2D (MW,PI)
Step1: Posing the question
Step2:The start point
Step3:get useful information
Step4: Creating a knowledgebase of interaction
Step5: Fitting the diverse data together
Step6: Looking for enrichment
Step7: Summarizing the disease profile
Step8: Interpreting proteomic profiles in a network framework
Step9 : filling the gap

每次實驗步驟統一，才能得到一致的結果

冰山理論:
冰山下是未知蛋白的表現量

如果做40% surcose gradient
配40%surcose 拿去凍起來
再拿出來退凍，形成自然的gradient

用強酸強鹼BUFFER形成gradient
通電後，Sample會跑到等電點

Melanie viewer

選取範圍
用3d view